当户口不在一起时，证明父子关系可以通过以下几种方法：
出生证明：
如果存在出生证明，这可以作为证明父子关系的直接证据。
户口簿记录：
如果父子双方曾经在同一户口簿上有过记录，可以通过查询户口簿的历史记录来证明关系。
亲属关系公证：
可以携带相关证明材料，到公证处进行亲属关系证明的公证。
亲子鉴定：
在无法提供上述证明材料的情况下，可以通过进行亲子鉴定来证明父子关系。亲子鉴定需要双方一起去当地的司法亲子鉴定中心进行采血鉴定，他们会出具亲子鉴定报告，这是非常权威的。
人事档案：
人事档案所在地的人才中心，查询本人档案中和父母关系证明并复印。
法院判决书或离婚协议：
如果父母离异有法院判决书或是离婚协议曾经记载过孩子信息，那么上面也会有孩子和父母双方的信息，可以作为关系证明。
公安机关证明：
可以向户籍所在地的公安机关申请开具亲属关系证明。
法医学鉴定书：
在特殊情况下，如亲子鉴定无法进行，可以通过法医学鉴定来证明血缘关系。
独生子女证：
很多80年-96年之间出生的是有独生子女证的，很多公证员认可。
结婚证：
如果父母的婚姻关系可以通过结婚证证明，这也有助于证明父子关系。
建议优先使用出生证明、户口簿记录或亲子鉴定等直接证据来证明父子关系，这些方法通常最为有效和权威。如果这些方法都无法使用，再考虑其他辅助材料或方法。